В Mortal Kombat 3 представлены новые персонажи, однако популярные герои из предыдущих игр отсутствуют. В 1995 году было выпущено обновление Ultimate Mortal Kombat 3, которое добавило больше персонажей, а в 1996 году для домашних консолей и ПК вышла игра Mortal Kombat Trilogy с дополнительными персонажами.
Сюжет Mortal Kombat 3 разворачивается после событий Mortal Kombat II и связан с обновлениями Ultimate Mortal Kombat 3 и Mortal Kombat Trilogy. Следующей игрой серии стал Mortal Kombat 4.
Игровой процесс Mortal Kombat 3 усложнён по сравнению с предыдущими играми серии. Нововведения включают кнопку «Бег» и препрограммированные комбо. Также представлены различные типы добиваний, такие как Fatality, Friendship и Babality, и новое добивание — Animality.